लंबी दौड़ के दौरान शरीर का खून ज्यादा मांसपेशियों की तरफ जाता है और पेट,आंत को कम मिलता है। इससे वहां सूजन या चोट हो सकती है। कई धावक रनरस कोलाइटिस (पेट खराब, दस्त, हल्का खून) जैसी दिक्कत झेलते हैं। बार-बार ऐसा होना आंत पर असर डाल सकता है। मैराथन धावकों की गट माइक्रोबायोम (आंत की बैक्टीरिया बैलेंस) भी बदल सकती है। रनिंग के दौरान जो पैक्ड फूड,जेल खाते हैं, वो भी पेट पर असर डाल सकते हैं।